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Allí el Conde fue atacado por el Jedi Quinlan Vos y Asajj Ventress en una maniobra para asesinarlo. Grievous fue emboscado por Vos, pero pudo liberarse de su captura temporal y, a su vez, tomar al Jedi prisionero. Pero Sidious tenía otros planes para el General.
Ohnaka, que a su vez había hecho prisionera a Ahsoka Tano, fue liberado por ella y por varios Iniciados Jedi que acudieron a rescatarla. Los piratas y los Jedi consiguieron escapar, pero Grievous demolió la base y abandonó el planeta.
Grievous emergió de la extraña visión, salió del Templo y ordenó a su acorazado bombardearlo. Más tarde, Grievous lideró un bloqueo en Felucia, donde los Separatistas lograron la victoria sobre la República.
Sintió cómo había vuelto a su cuerpo orgánico, y cómo sus miembros se separaban de su cuerpo. Observó, en shock, cómo era reducido a una serie de órganos flotando en el vacío, con las voces aún riéndose por ser alguien diminuto.
Cuando trató de obtener un cristal como trofeo, sus sensores fallaron. Se vio flotando en un escenario cósmico, con voces efímeras que se mofaban de su búsqueda de conocimiento y de sus aumentos cibernéticos, acusándole de querer destruir un poder que no podía comprender.
Dooku le felicitó por su victoria. Tras esto, Grievous continuó su caza de Jedi. En Ledeve mató a una Mikkian y rastreó a su Padawan, a quien también mató, obteniendo sus sables láser como trofeo y un datapad que indicaba la ubicación de un Templo Jedi.
Skywalker y un grupo de asalto lo aprovecharon, y lograron incapacitar el cañón de iones del crucero, tras lo cual la flota de Obi-Wan Kenobi pudo atacar la nave. Grievous se vio obligado a retirarse tras capturar a Padmé Amidala, engañada para ir allí por Palpatine.
Tras esto Grievous atacó la luna helada de Caliban, donde capturó a Obi-Wan y sus clones, a quienes obligó a reconstruir un puente de acceso necesario para sus tropas. Kenobi, gracias a los nativos Qubeys, pudo escapar causando una avalancha que destruyó de nuevo el puente.
Grievous exigió su sable láser como prueba de que AD-W4 lo había matado, según afirmaba, pero no se la pudo presentar. Al final, Windu acabó con AD-W4 y Hissrich pasó a formar parte de la República.
Durante las primeras batallas de las Guerras Clon, Grievous se encontró con el líder droide AD-W4, un mercenario contratado para supervisar las operaciones Separatistas en Hissrich. AD-W4 sirvió como Comandante Separatista allí y se enfrentó a Mace Windu.