Dr.くろたんくさんのイラストまとめ

@ddd_ppp_story web にはAdvanced Optionsにもpeptide chainを選ぶ項目があったので、とりあえずテストでMDM2-p53の複合体を試してみたんですが、とてもいい感じのができました！

自分のサンプルでもやってみます。

リカバリー率よりも構造的に一致している様に見える。側鎖の構造が似ているものが側鎖になっているっぽい。

BAX/BCL2はリカバリー率は低めだがRMSDは0.25
ちょっと良すぎるんだよなぁ
なんか間違ってないか確認しよ

バックボーンを与えて、バックボーンのRMSDのロス（側鎖のRMSDはロスとしていない）の重みを少し大きめにしたら、p53ペプチドの肝心のF, Wがほぼ一致
これはかなりよい。期待以上。まぁ実装間違えてて答え与えてるかもだけど
シアン：p53
マゼンダ：fixbb

I chose TOP12 using num_interface_contacts / path_len in fused_paths.csv as a tentative average number of contacts(This includes the TOP2 mentioned earlier)
If these TERM interface scores are calculated and are relatively high, they may work as a filter before score calculation.

@SassSeabass
By the way, the 10 backbones left after filtering

@SassSeabass
After filtering for an average contact count of 2.5 or higher for residues with contacts and a TERM interface score of 0.2 or lower,10 of the 200 backbones designed remained.Top2 was found to be in a pretty good spot.
White: MDM2
Cyan: p53
Orange: Top1
Magenta: Top2

https://t.co/UouYLGVmUR
の論文で実装されているコードを使って、MDM2を標的タンパク質としてp53を対応するペプチドとして、binding residueを限定し、seed fragmentからpath structure作って、目視で実際のp53らへんに作られたバックボーンを可視化。大体20%くらいがそれっぽいところにpathを作る。