Naoya KOBAYASHIさんのイラストまとめ
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タンパク質工学とタンパク質デザイン/これまで自然界に存在しなかった人工タンパク質 (de novo designed protein)が生体内や環境中でどのような意味をもつようになるのかに関心があります/computational protein designで好みのタンパク質をつくり、wet実験で調べています
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一方、論文のfrustration-free blueprintを使ってデザインされたもの(PDB: 6XEH)では、そのNMR構造(左)とOmegaFold予測構造(右)は同じ構造が予測された。
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去年ColabFoldでも予測してみた https://t.co/qcMJpyLRNN PDBにないde novo designed proteinも試してみた。FolditStandaloneを使って手で骨格を作り、GCNdesign( https://t.co/ul7W1FfB3f )を使ってデザインしたタンパク質。
白色がデザイン構造、色付きがOmegaFold予測構造。
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先の構造はすでにPDBにある構造なので、PDBに公開されていないde novo designed proteinの配列をOmegaFoldで予測してみた。
左の白色構造がデザイン時のモデル構造
右の色付き構造がOmegaFoldの予測構造
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OmegaFold( https://t.co/XGykBojDxx )でPDB ID: 7BQD(knotのあるde novo designed protein)を予測してみた。
左の白色がPDB構造
右の虹色が予測構造
20秒で予測が終わった。
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