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よしよし、期待通り予測構造内の大きな穴は疎水性だ。
RDH13Lと類似の構造を持つ結晶構造データ(PDBID: 3o4r) との構造アライメントでNADPの位置を推定(図中緑)した後、PyMOLWikiにあったcolor_hというスクリプトで疎水性を赤く着色した結果。
分子収斂が見つかったら勝手にAlphaFoldの構造をダウンロードして収斂座位をマップしたPyMOLセッションを作ってくれる機能を実装してみた。
I am so in love with the rendering styles that I can get out of ChimeraX. I can't believe that I stuck with PyMol for so long.
Following our recent publication on the light-driven sodium pump KR2, I prepared my first (ever) animation on the mechanism of Na+ translocation. All 5 protomers can bind sodium simultaneously! Feedback is welcome😉
#rhodopsin #pymol #iontransport #retinal