よしよし、期待通り予測構造内の大きな穴は疎水性だ。
RDH13Lと類似の構造を持つ結晶構造データ(PDBID: 3o4r) との構造アライメントでNADPの位置を推定(図中緑)した後、PyMOLWikiにあったcolor_hというスクリプトで疎水性を赤く着色した結果。

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分子収斂が見つかったら勝手にAlphaFoldの構造をダウンロードして収斂座位をマップしたPyMOLセッションを作ってくれる機能を実装してみた。

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I am so in love with the rendering styles that I can get out of ChimeraX. I can't believe that I stuck with PyMol for so long.

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Following our recent publication on the light-driven sodium pump KR2, I prepared my first (ever) animation on the mechanism of Na+ translocation. All 5 protomers can bind sodium simultaneously! Feedback is welcome😉

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Day 1

Molecular Memory brings you lessons in organic chem and biochem. I’m obsessed with molecular visualization and VR, and my latest project is bringing proteins to life through 3D videos using PyMOL!

https://t.co/UxLGZHoaSR

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