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セカンダリオブジェクトのウェイトはデータ転送モディファイアを経由して処理されるみたい。
アニメキャラCGだと眉毛まつげのほかにシワタッチやポイント影パーツ付けるので、シェイプキーへのベイク処理後に各々のシェイプキーから編集で形状整える作業が発生しうる。細かいオブジェクトなら尚更。
キャラ頭部ってものによっては、リグもセパレートしやすく、親ルートを頭部ボーンにリンクするだけにするんだけど、Blenderで似たような親子付のみにするならオブジェクトコンストレイントでボーン指定してあげればいいのか?
これならメカモノ作るときに頂点グループでウェイトいじらなくて済むかも。