# alphafold2 casp14 エンジニア zoom 相互フォロー

で、本命のScalloped/Vestigialの複合体
AlphaFold2君ほぼ正解(実際は二量体になってるけど)

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2021-07-21

AlphaFold2すげーな。Drosophila melanogasterのscallopedタンパクA鎖の予測させたらほぼ正解だった。なお、素人が遊んでるだけなので全然科学的ではない。

左、AlphaFold2の予測 右、既知の立体構造
https://t.co/2YHKFVz9JA

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2021-07-21


世界最小10残基のタンパク質ことシニョリン(chignolin)の熱安定変異体CLN025で試したらかなり結晶構造とずれていた。1枚目:結晶構造(5awl), 2枚目: 予測構造, 3,4枚目: 重ね合わせ　RMSD=1.45
https://t.co/wSdzBFZahq

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2021-07-21

AlphaFold2で構造が既知の蛍光タンパク質をいくつか試してみたが、発色団周りは全然合致せず。Gamillusの発色団はトランス体のp-hydroxybenzylidene-imidazolidinoneだけど、AlphaFold２の予測構造は発色団ができていない。これでは光異性化やESPTなどの予測もできない・・・。

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2021-07-21

タンパク質ってこんな形してるんだ👀

タンパク質の構造を解析するAI「AlphaFold2」が無料公開！
東京大学の教授が「6年間解けなかった分子の結晶構造があっさり解けた」とツイート✨✨

下記で誰でもAlphaFold2で解析できる
(上から▶️を順番に押すだけでOK😀)
https://t.co/pRgg2qDYuN

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2021-07-21

簡易版AF2使って、CyclosporinとCyclophilinAの複合体構造（1CWH）で遊んでみた。左が実測、右が予測。
近いところに寄って行ってはいるのだが……。流石に環状ペプチドは厳しいのかな

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2021-07-20

Alphafold2ではペプチド以外扱えない為、apo体（水色）の構造が出てほしいところだが、リファレンスは錯体結合型の構造を多く使用する為、holo型の構造が出てしまうのも、問題点なのかな。（構造は緑膿菌のヘム輸送タンパクHasA、ピンク色:自分と縁があるコバルトテトラフェニルポルフィセン結合型）

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2021-07-18

AlphaFold2で予測した構造は、活性部位付近の側鎖の配向もほぼ正解に限りなく近いレベルかなと思いました。画像だとちょっとよく伝わらないかもしれませんが。

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2021-07-17

Successfully predicted one of the denovo designs using in google-colab😎 (1 model, no template, single sequence input, and no amber refine, ~2 mins). Notebook if anybody wanna try input your favorite sequence:
https://t.co/qaj7Ws9CtP

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2021-07-16

The leap forward in protein structure prediction by 's AlphaFold2 in highlights a potential to revolutionise structure determination. The open availability of 170,000+ structures in the PDB has been harnessed to solve a problem that stretches back decades

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2020-12-01